鸦片战争
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主条目：虎门销烟、鸦片战争、南京条约、望厦条约和黄埔条约
1841年1月7日虎門之戰，鸦片战争标志着中国进入近代历史[16]:54 。
1839年，道光帝派林则徐为钦差大臣远赴广州负责禁烟。林则徐抵达广州后，与两广总督邓廷桢、广东水师提督关天培两人合作，积极整顿海防，防御外敌入侵；严拿烟贩，惩办不法官员；禁止商人贩卖鸦片，以及国民吸食鸦片，凡吸食者要立即呈缴烟具，限期戒除；并于3月16日晓谕外国烟贩，限期交出所有鸦片，并承诺不要再贩卖，保证“嗣后来船永不敢夹带鸦片，如有带来，一经查出，货尽没官，人即正法，情甘服罪”，林则徐又提出每箱呈缴的鸦片将获五斤茶叶的奖励，但他从未提及金钱赔偿，显然从未考虑英国人的利益和禁烟所带来的损失。事件至3月24日，因英国商人在中国停留日久，耳濡目染中国之陋规，误以为林则徐此举是勒索钱财，对林则徐的要求敷衍过去，所以林则徐下令中断贸易，撤走英国商馆中的华人买办和仆役，并派士兵包围了商馆，并下令：和洋人交通者即汉奸。350名洋商被困在商馆里六个星期，与外界交通隔绝，他们的生活受到严重影响。在“在华商务总监督”义律看来，林则徐此举是妄顾英国商人的生命、自由和财产的行径；结果义律在5月18日向林则徐交出了21306箱鸦片。林则徐请示过道光帝之后，在虎门挖了三个大坑，并在6月3日开始销毁鸦片，直到6月25日才全部销毁殆尽。这就是震惊中外的“虎门销烟”。在禁烟期间林则徐命人翻译西方书籍。
1840年，英国决定对中国发动战争，派英军统帅兼全权代表懿律领兵到达广州海面，并根据英国外相巴麦尊的指示，在封锁珠江口之后，北上进攻浙江舟山。7月5日，英军开始进攻战略要地定海县城，鸦片战争正式爆发。7月6日，定海沦陷。战争初期，道光帝与满朝文武大臣对局势一无所知，尚不知英国在何方。而此时英国已完成工业革命，亟需打开中国市场。并且英军船坚炮利，装备精良，而清军却指挥失误，消极应战。道光帝认为英国提出的条件过于苛刻以及琦善与英人擅自签订条约有损天朝威严，使道光帝大为不满，道光帝便把琦善抄家革职，派奕山、隆文和杨芳赴广东指挥作战。但义律先下手为强，于1841年2月23日进攻虎门炮台，虽然广东水师提督关天培率靖远炮台将士奋力抵抗，但仍不敌英军，虎门炮台最终失陷。5月21日，奕山令水陆军1700余人，于黑夜分乘快船出动，挈火箭、喷筒，夜袭英船，掷火焚烧。次日早晨英军2400人反攻，清军溃退。四天之内，广州附近要地全失，18000多清军尽退城内，秩序大乱，奕山竖起白旗求和，签订《广州和约》，不但率部撤离了广州，还勒索广州商家向英军支付了600万银元的赎城费，仅怡和行伍崇曜就出资80万银圆。英军收钱后也撤出广州。期间广州民间反英气氛炽热，发生了三元里抗英事件。而奕山为了不被皇帝惩罚，便虚报战功，甚至将该战役的惨败说成大胜。1841年5月，英国政府否定《穿鼻草约》，改派全权公使砵甸乍来华。1841年8月21日英国舰队有10艘军舰、4艘轮船、22艘运输船搭载英国陆军第18皇家爱尔兰团、第26卡梅拉尼亚步兵团、第49威尔士步兵团、第55威斯特摩兰郡步兵团、第62旁遮普印度步兵师、第66旁遮普印度步兵师北上。清军节节败退，最终1841年清朝战败，道光帝急忙派耆英和伊里布为钦差大臣，去广州与英军交涉议和。1842年8月4日，英国军舰驶抵南京下关江面，璞鼎查威胁限日定议，否则发炮攻城，这使耆英和伊里布只好全面接受英方提出的条款。1842年8月29日，中英双方签订《南京条约》，战争结束。
清政府被迫在南京的静海寺与英国政府议约，双方共在寺内议约四次。8月29日，中国清政府全部接受了英国提出的议和条款，在英军旗舰“汗华”（亦译康华丽）号上正式签订了中国近代第一个不平等条约中英《南京条约》，满足了英国大多数的要求。香港岛因此被割让给英国，上海、广州、福州、厦门、宁波五大口岸被迫开放给英国人贸易和居住。列强自然不愿英国独享权益，纷纷与中国签订更多不平等条约。1844年7月3日，中美签订《中美望厦条约》。1844年10月24日，法国与中国签订《黄埔条约》，享有领事裁判权和传教权等。1843年10月8日，中英签署了《虎门条约》。鸦片战争与《南京条约》開啟了中國近代史。此后，美国等西方国家又强迫清朝与之签订《望厦条约》、《黄埔条约》等条约，列强获得了领事裁判权，中國逐漸流失了领土、贸易等主权。
太平天国运动
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主条目：太平天国、天京事变和湘军南京屠城
太平天国天王玉玺
曾国藩的九弟曾国荃，因率领湘军在南京滥杀百姓无数，与其兄曾国藩被称为曾剃头、曾屠户
1850年，道光皇帝驾崩，第四子咸豐帝即位。由于西方各國的经济侵略，以及地方官吏地主兼併土地，使得傳統農村經濟受到破壞，各地乘機紛紛起事。其中河南、安徽一带以捻军為主，1851年洪秀全在广西金田村起义，建号太平天國。1853年攻陷江寧（今南京市）并定都于此，改称天京。并颁布了纲领性文件《天朝田亩制度》。随后發動兩次西征；不久又派遣林凤翔等进行北伐，最遠達天津近郊，清朝朝野震动。咸丰帝急忙派曾國藩、左宗棠、李鴻章等人紛紛組織湘軍與淮軍等地方团练武装抵抗太平天國。太平天國定都天京后领导集团发生腐败现象，天京事變後國力大大衰退。洪秀全启用李秀成、陈玉成、洪仁玕等人管理朝政，洪仁玕提出了带有资产阶级性质的社会改革方案《资政新篇》。后石达开率军进入四川，在大渡河一带遭清军埋伏，全军覆没。
1864年7月，曾国藩弟曾国荃率湘军攻陷首都天京，随后湘军屠城，许多当地平民和太平军人被杀，太平天国也因此失败。中央研究院院士、中央研究院近代史研究所创所所长郭廷以在其所著《近代中国史纲》引赵烈文《能静居日记》记载曾国荃率湘军攻入南京城后的情景：“湘军‘贪掠夺，颇乱伍。中军各勇留营者皆去搜括’，……‘沿街死尸十之九皆老者。其幼孩未满二、三岁者亦被戳以为戏，匍匐道上。妇女四十岁以下者一人俱无（均被虏），老者负伤或十余刀，数十刀，哀号之声达于四方。’凡此均为曾国荃幕友赵烈文目睹所记，总计死者约二、三十万人（死亡人数有争议）。”[17][18][19][20][21]。
英法联军之役
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主条目：英法联军之役、火烧圆明园、天津条约、北京条约和璦琿条约
1856到1860年，英國與法國为进一步打开中国市场，攫取在华利益，提出与清朝修約的要求，但被清朝拒绝。1856年英國和法國以亚罗号事件及西林教案为导火索，组织英法联军入侵中国。1860年，英法联军进攻北京，清軍於八里橋之戰戰敗，咸丰帝仓皇逃往热河，英法聯軍攻陷北京，大肆掠夺并焚毁了北京西郊的“万园之园”圓明園，咸丰帝命恭亲王奕䜣与英法簽訂了《天津條約》及《北京條約》。同時帝俄武力逼清朝簽訂《璦琿條約》、《北京条约》等不平等条约，攫取了清朝北方大面积领土。1864年，帝俄又強迫清朝签订清俄《勘分西北界約記》，割佔西北领土。帝俄共割让了清朝近150万平方千米的土地，相当于英国与法国的面积。马克思主义史学认为中国的半殖民地半封建社会的程度大大加深。
辛酉政变与清朝政局的变动
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主条目：辛酉政变和慈禧太后
英法联军火烧圆明园之后，咸丰十一年七月十七日，咸丰皇帝驾崩于承德避暑山庄烟波致爽殿。其子载淳年仅六岁，继承大统。临终前，并任命怡亲王载垣、郑亲王端华、户部尚书肃顺、额驸景寿、兵部尚书穆荫、吏部左侍郎匡源、礼部右侍郎杜翰、太仆寺少卿焦祐瀛八人为“赞襄政务王大臣”，辅佐嗣君，人称“顾命八大臣”。同治帝在避暑山庄居丧期间，奉咸丰帝的皇后钮祜禄氏慈安太后，住烟波致爽殿的东暖阁；奉生母那拉氏为“圣母皇太后”，住在西暖阁；因此，慈安和慈禧分别被称为“东太后”和“西太后”。
顾命八大臣与慈禧产生了严重的矛盾。而当时恭亲王奕䜣已与西方列国达成议和，于9月5日赴热河奔丧。奕䜣与慈禧秘密取得联系，决定策划一次政变。在慈禧的鼓动下，这次政变得到了慈安太后的同意。14日，山东道监察御史董元醇奏请两宫皇太后权理朝政，慈禧与慈安便召八大臣入议，八大臣以“本朝未有皇太后垂帘”为由拒绝。在奕䜣的帮助下，慈禧取得了侍郎胜保、大学士贾桢等人的支持，10月26日，咸丰帝的灵柩运回京师时，慈禧命八大臣护送灵柩殿后，自己与慈安、嗣君载淳先到达京师。随后，慈禧便先发制人，发动辛酉政变，将在京师的载垣、端华等人下狱，并派醇亲王奕譞去擒拿肃顺。自此，八大臣势力被铲除。由八大臣拟定的年号“祺祥”也被废除，改为“同治”。
慈禧授意议政王大臣，使他们上书建议两宫垂帘听政。于是在十一月乙酉朔，慈禧、慈安两太后开始在养心殿垂帘听政。慈禧许诺：“垂帘非所乐为，惟以时事多艰，王大臣等不能无所？承，是以姑允所请。俟皇帝典学有成，即行归政。”自此，每日都召议政王大臣、军机大臣讨论政治。内外奏章，两宫太后阅览之后，由议政王大臣拟旨，翌日，议政王大臣进呈，由两太后审阅之后，分别盖上咸丰帝赐同道堂小玺钤作为标识，然后以同治帝的旨意颁示。慈安对权力并不感兴趣，日常朝政事务由慈禧处理；但遇上重大朝政事务，慈禧仍要去征求慈安的意见。慈禧在垂帘听政之后，便采纳了御史徐启文的意见，令中外臣工直言批评时事的过失；又采纳御史钟佩贤的意见，崇节俭、重名器；采纳御史卞宝第的意见，严赏罚、整肃吏制、慎荐举。又命令内直翰林整理前朝历代帝王政治以及母后垂帘听政的事迹，将其中的经验和教训进行归纳总结。同年，清朝开始了洋务运动。
自强运动与同治中兴
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主条目：洋务运动和同治中兴
支持洋务运动的恭亲王奕䜣，他帮助慈禧太后取得政权，并且成为洋务派在中央的主要代表。成为清朝晚期的重要官员。
1861年，同治帝在承德即位。恭亲王奕䜣赴承德为咸丰帝奔丧，慈禧太后與奕訢發動“辛酉政變”，早先回到北京革除了辅政八大臣的职务并将载垣、端华、肃顺三人处死，然后宣布垂帘听政。被称为洋務派的大臣与早先的地主阶级顽固派进行了“中体西用”的争论。曾国藩、李鸿章、左宗棠、张之洞等大臣主张学习西方器物，开始了“西学东渐”的历程。他们認識到西方的船堅炮利，展開以自強、求富为目的的的洋務運動。先後引入國外科學技術，建立現代銀行、郵政等设施。并且建立翻譯機構同文館、进行新式教育，培訓技術人才並派遣留學生到歐美日國家学习。李鸿章等封疆大吏在地方建立輪船招商局、江南製造總局與漢陽铁廠兵工廠，1862年，中国自行设计的第一台蒸汽机投入使用，标志着中国近代工业的起步。同時建立了北洋、南洋、福建三支舰队。洋務運動使得清朝国防实力与工业实力大增，出现了中兴气象，史稱“同治中興”。1865年僧格林沁的滿蒙騎兵中捻軍埋伏而全军覆没，地方大臣左宗棠與李鴻章分別滅掉了西捻、東捻，1868年在华北、中原一带活跃多年的捻军叛乱终于结束。1862年到1878年楚军大臣左宗棠平定陝甘回變和新疆阿古柏的战乱，並在沙俄手中收回伊犁。
1875年同治帝去世，光緒帝即位。1883-1885年，法國入侵清朝的藩属国越南，清朝与法国因越南主权问题而爆發清法戰爭。活跃在中越边境一带的刘永福率领黑旗军南下抗法。1883年，在河内附近的纸桥痛击法军，斩杀法军统帅李威利。史称纸桥大战。1884年夏天，法军舰队强行驶入福建馬尾水師的基地马尾军港，李鸿章奉行“未可与欧洲列强轻言战事”的投降策略，使福建水师处于被动挨打的境地。接着，法军炮击马尾船厂，摧毁闽江两岸的清军炮台，清朝被迫对法国宣战。1885年年初，法军占领谅山，广西告急。此时清朝起用老将冯子材镇守广西，冯子材大败法军，乘胜追击，与黑旗军收复谅山等地。清朝节节胜利，粉碎了法国侵略者利用越南为基地侵略中国的妄想。并导致法国茹费理内阁倒台。清政府决定与法国议和。1885年夏，李鸿章与法国公使巴德诺签订《中法新约》。规定：清朝承认法国在越南的殖民统治，中越边境开放商埠，在西南修筑铁路等等。最后清朝失去越南的宗主权力，越南沦为法國殖民地，清朝的西南门户被打开。
台灣在赶走法国侵略者之后建省，刘铭传为台湾第一任巡抚。1885年英國入侵緬甸，清朝駐英公使曾紀澤（曾国藩之子）向英國抗議無效，1886年被迫簽訂中英《緬甸條約》，承認了緬甸為英國所有。六七十年代，在洋务派企业以及外国资本的刺激和影响下，民间出现了资本主义的生产模式，被称为“民族资本主义”。
自然灾害
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光绪年间，中国经历了不少天灾，有些天灾甚至还造成人口损失，对晚清造成了一定的影响。
丁戊奇荒
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主条目：丁戊奇荒
1878年畫，《中國饑荒》（The Famine in China）。饑荒受難者被强迫把兒女給賣掉。
光绪元年至四年（1875-1878年）间，河南、山西、陝西、直隸、山東等地发生特大旱灾饥荒，尤以山西最嚴重，太原府100萬人死95萬。[22]總死亡數計950萬-2000萬不等，也就是清朝人口的約2-4%。2000余万灾民逃荒或販賣到外地。[22]但这场大旱荒过后并未发生大规模暴动[23]。
袁子鹏、严保之等清廷官员称“此千古奇灾，是铁石心肠亦当泪下”[24]。
光绪《山西通志》，卷八十二，《荒政记》，“此诚我朝二百三十余年来未见之惨凄，未闻之悲痛也”。[25]
袁保恒奏议中称，河南“成灾七十二处（县）之多，通省核计，已十分之七。受灾之重，为二百数十年来所未有”。灾民“不得不逃亡四出，扶老携幼，号泣中途，带病忍饥，踉跄载道”。[26]
时任山西巡抚曾国荃称丁戊奇荒为“二百余年未有之灾”[27]。“赤地千有余里，饥民至五六百万之众，大祲奇灾，古所未见”[28]。
丁戊奇荒震惊了当时的世界，西方媒体关注了此次灾荒。《纽约时报》对丁戊奇荒的最早报道是在1876年6月27日，[29]随后做了进一步报道。它对这场灾荒报道最密集的时段是在1878年，它将这场灾荒的主要原因归咎于中国基础交通设施的落后，并对清政府的赈灾措施给予了肯定。《时报》的观点与中国大陆学界主流观点——清政府腐败无能、赈灾不力是造成“丁戊奇荒”伤亡惨重的主要原因大相径庭。1878年7月10日，时报称，当时的清朝最高统治者对于外国人在赈济灾民方面所做的努力也给与了“广泛和出乎意料的感谢”。[30]
《圣保罗先锋报》1878年1月26日载，“这场饥荒，已在中国北方省份持续了三年，现在似乎到达它的顶峰……我们的消息不是来自中国人，而是来自在当地的外国人，或者在那些省份传教或者被派去赈灾……”，“这一地区（山西、陕西、河南和山东）有九百万人口目前处于饥饿中”。[31]
英國傳教士李提摩太指1500-2000萬人死，外國賑災會指900-1300萬人死[32]，美國傳教士哈巴安德指1300-1700萬人死，美国驻大清公使柔克義指950萬人死。[33]
1887年黄河决口
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主条目：1887年黄河决口
光绪十三年（1887年）9月30日，河南郑州下汛十堡（今惠济区花园口镇石桥村）发生黄河决口[34]，这是继1855年铜瓦厢决口改道后最大的一次决口[35]。此次黄河决口致使200多万（一说93万；一说最保守估计150万；一说700万）人罹难，清史研究学者夏明方称其为“近代中国人口损失最严重的一次洪水灾害”[36]，英国密德萨斯大学国际关系学教授彼得·霍夫（Peter Hough）称其为“人类历史上最致命的自然灾害之一”[37]。
口门逐渐“刷宽至三百余丈”，下游正河断流。决水流入贾鲁河、淮河，豫、皖、苏“三省地面约二三十州县尽在洪流巨浸之中”[36]。清朝政府命吴大澂接办堵口工程，1889年1月20日（光绪十四年冬）合龙成功[38]，吴大澂亲笔撰文立碑以示纪念此次事件。此次治理决口耗费白银1090余万两[39]（一说1200万两[40]），占当时清政府年收入的四分之一，史称“郑州大工”[41]。